Nach der Entscheidung die Anzahl der Ausländer in der Schwiez zu verringern und den bilateralen Vertrag mit der EU nicht zu unterschreiben, diskriminierte das Kroatien automatisch. Die Schweiz hat nämlich, am 9. Februar 2014, durch das Referendum entschieden die Anzahl der Arbeitskräfte aus den EU-Ländern zu reduzieren. Somit hat Kroatein keinen Zutritt zum Arbeitsmark in der Schweiz.
Infolgedessen blokierte die EU das Milliardenschwere Forschungsprojekt Horizont 2020 für die Schweiz. Kroatien hat immer noch keine Personenfreizügigkeit in der Schweiz wie andere EU-Mitglieder. Da die Schweiz den Horizont 2020 Projekt zugesagt hat und den Vertrag mit der EU unterschrieben hat,wird sie dennoch keine gleichen Rechte in diesem Projekt haben. Zunächt kann die Schweiz teilweise an diesem Projekt bis 2016 teil haben, spätistens dann muss sie Kroatien Personenfreizügigkeit geben, und ihren Bürgern und Wissenschaftlern keine Rechte vorenthalten.
Wenn die Schweiz diese Problem der Personenfreizügigkeit nich bis zum Februar 2017 gelöst hat, wird sie von dem Projekt Horizont 2020 nicht profitieren können, meinte die EU-Komision. Außerdem würde die Schweiz in diesem Fall ihre Studenten nicht ins Ausland schicken können da sie ohne Erasmusprogram bleiben würden.
Die Kroatische Außenministarin Vesna Pusic wies auf zwei Hauptprobleme in dieser Situation hin. Erstens wird den Kroaten die Personenfreizügigkeit entzogen und zweitens wird Kroatien anders behandelt als andere EU-Mitglieder, was diskriminierend ist. Damit hat Kroatein keinen zutritt zum schweizerischen Arbeitsmarkt, was eigentlich ihr volles Recht dem EU-Gesetz nach ist.
Die Antwort aus Bern ist die dass, die Schweiz zur Zeit nicht in der Position ist Kroatien den Zutritt zum Arbeitsmarkt zu eröffnen da sie sich auf dem Referendum geenigt haben die Imigrationsrate in der Schweiz zu senken. Die EU willigte dieses Referendum nicht ein und gab zu wissen dass, sie die Situation so schnell wie möglich lössen wolle.